針對目的蛋白設計T細胞相關抗原肽，將多肽逐步從兩端截取為短肽，形成肽庫，后將肽庫混合成肽池，用以篩選T細胞最佳表位。T細胞截頭肽庫為篩選T細胞最佳表位提供了強有力的保證。
在大多數(shù)情況下，免疫治療首先需要確定病毒或癌細胞上最具免疫刺激作用的表位。T細胞表位是短肽序列，長度從MHC I復合物上的8-11個氨基酸到MHC II復合物上的15-24個氨基酸不等。肽庫是用于識別較大的表位中的短肽序列的理想工具，因為它們同時跨越數(shù)百種肽組合。T細胞截短肽庫是獨特的，因為它是由序列截短肽組合組成，從而確保整個T細胞表位是跨域的。這些截短的肽片段，通常從11-到8-mers，被匯集在一起。一旦確定了陽性細胞池，就可以對該池進行反容量，以確定T細胞表位序列。
使用金斯瑞的T細胞截短肽庫工具，首先輸入感興趣的蛋白序列。然后，選擇池中最長肽序列的長度（MHC I為11，MHC II最長可達24AA）。該工具將生成跨越整個序列長度的11-mer、10-mer、9-mer和8-mer肽池（或對于其他肽序列，長度將為n-mer、(n-1)-mer、(n-2)-mer和(n-3)-mer）。
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