如果合成多肽為蛋白質的內部序列，通過N端乙酰化或C端酰胺化可以去除多肽電荷使其更趨向于蛋白質的自然結構，同時增強了多肽對肽鏈內切酶的抵抗力。
針對羧基端生物素標記的多肽，需要在其羧基端添加賴氨酸，然后將生物素連接在賴氨酸的側鏈上，這樣就消除了賴氨酸的正電荷。
FITC是熒光標記的活性前體。為了有效的標記N端，可在多肽的N端和熒光基團之間插入七碳的6-氨基己酸（Ahx），其隔結構（NH2-CH2-CH2-CH2-CH2-CH2-COOH）。
作為多肽最常見的修飾之一，環化不僅增加了多肽鏈的構象穩定性，還提升了藥物吸收的藥代動性質和生物膜透過性。構象穩定所帶來的靶向性增強，酶穩定性的提高和相對較大的靶標作用面積，都使得環肽成為藥物開發，尤其是胞內靶點和口服多肽藥物的理想候選骨架。金斯瑞擁有超過20種環肽骨架的合成技術，以及更復雜的環肽修飾策略。
在半胱氨酸殘基間形成二硫鍵可以實現多肽環化，但由于二硫鍵是隨機形成的，因此對于含多個半胱氨酸殘基的多肽來說，這是個挑戰。金斯瑞可在指定的半胱氨酸間構建二硫鍵，我們最多可以在一條多肽定位引入三對二硫鍵。
多肽磷酸化可以幫助研究磷酸化對多肽和蛋白結構的影響以及蛋白激酶的作用機理，金斯瑞已經成功地為客戶合成了大量的絲氨酸、蘇氨酸和酪氨酸等磷酸化多肽。對于序列中含有多個含羥基的氨基酸（S,T,Y），可以通過正交保護或使用被Fmoc保護的磷酸化氨基酸原料來實現序列中磷酸化氨基酸的選擇性。
蛋白質的甲基化被認為是一種重要的修飾，有助于調節細胞功能，如轉錄、細胞分裂和細胞分化。翻譯后氮 -甲基化通常發生在賴氨酸或精氨酸側鏈上。甲基化修飾蛋白的多肽可用于蛋白質-蛋白質相互作用研究、或X射線晶體學結構測定。金斯瑞可以合成含有單個、二個、三個甲基化賴氨酸的多肽，其純度可達>98%，并且也可以和其他甲基化修飾組合。
多肽抗原由于分子太小而不能產生顯著的免疫反應，因此需要將多肽抗原偶聯到BSA、OVA、KLH等較大的蛋白載體上。KLH由于在ELISA或Western blotting檢測中沒有抑制作用，所以不影響檢測結果。常用的偶聯原理是馬來酰亞胺法， 即將多肽中的半胱氨酸殘基與載體蛋白偶聯。因此合成抗原多肽時，在其N端或C端添加一個半胱氨酸殘基有利于多肽與載體蛋白的偶聯。
PEG聚合體具有非離子性的、無毒性的、無生物排斥、高親水性的等，PEG修飾通過化學方法將PEG聚合物偶聯到大分子上（抗體、多肽等）。PEG修飾的大分子具有較高的溶解性（主要可用于疏水性藥物）及生物藥效，可通過偽裝多肽,騙過宿主細胞的免疫系統，來增強多肽的治療效果。它也可以通過降低腎臟清除率來延長多肽的代謝時間。
為了進行核磁共振實驗，我們將多肽標記穩定的非放射性的同位素。標記2H、15N、13C或 15N 及 13C同時標記的多肽，合成后可以便于核磁共振檢測。如果您需要標記修飾，請提供您的序列及標記需求。
多抗原肽（Multiple-Antigen peptide, MAP）是生產高效價的抗多肽抗體和多肽疫苗的一種有效方法。多重抗原肽以賴氨酸的a-或e-基團形成主鏈，以多拷貝的肽抗原作外表層的分枝狀合成多肽。根據賴氨酸的數目，可以合成不同數目側鏈的多抗原肽，這樣不必將抗原偶聯到載體蛋白質便能產生高滴度、高親和力的抗體。
