質(zhì)粒質(zhì)量測(cè)試

為了了解用兩種不同方法制備的質(zhì)粒DNA的質(zhì)量和產(chǎn)量，我們從不同方面對(duì)質(zhì)粒進(jìn)行了測(cè)試。

通過(guò)使用Nanodrop進(jìn)行定量，我們發(fā)現(xiàn)核酸純化柱制備的質(zhì)粒的濃度通常低于乙醇沉淀法制備的濃度。對(duì)于低拷貝數(shù)的質(zhì)粒，二者的差異更大。

是因?yàn)楹怂峒兓ǖ漠a(chǎn)率較低還是用Nanodrop測(cè)量的DNA濃度不準(zhǔn)確？Nanodrop是紫外分光光度計(jì)，通過(guò)260 nm的吸光度測(cè)量DNA濃度。但是有太多其他物質(zhì)在260 nm處吸收，因此測(cè)量不是特定的。

另一種DNA定量常用方法是Qubit分析，Qubit法是基于熒光染料的化學(xué)性質(zhì)來(lái)分析。熒光染料可與DNA分子特異性結(jié)合，因此即使對(duì)于受污染的樣品，Qubit 也可以確定真實(shí)的DNA濃度。

我們用Nanodrop和Qubit系統(tǒng)測(cè)量了DNA濃度，發(fā)現(xiàn)由Nanodrop確定的質(zhì)粒濃度通常高于Qubit。對(duì)于乙醇沉淀法制備的質(zhì)粒，這兩種方法之間的差異更大。另外，使用乙醇沉淀法和核酸純化柱制備后，Qubit顯示質(zhì)粒的濃度非常相似。這些結(jié)果表明核酸純化柱制備的質(zhì)粒總收率與乙醇沉淀的水平相同，但核酸純化柱制備的質(zhì)粒污染更少。

質(zhì)粒的純度會(huì)影響下游克隆反應(yīng)，為了進(jìn)一步驗(yàn)證核酸純化柱制備的質(zhì)粒是否比乙醇沉淀更清潔，我們將質(zhì)粒用于制備克隆的線性化載體。我們將制備的質(zhì)粒和凝膠純化的DNA兩次消化相同量（Nanodrop濃度）。我們發(fā)現(xiàn)用核酸純化柱制備的質(zhì)粒比乙醇沉淀產(chǎn)生的線性化質(zhì)粒濃度高得多。這進(jìn)一步表明，用核酸純化柱制備的質(zhì)粒含有較少的污染物。

我們將等量的（ Nanodrop法定量）質(zhì)粒DNA直接轉(zhuǎn)化到大腸桿菌感受態(tài)細(xì)胞中。核酸純化柱制備的質(zhì)粒產(chǎn)生了更多的菌落，進(jìn)一步表明核酸純化柱制備的DNA含有更多的目的質(zhì)粒DNA分子。

總之，用核酸純化柱制備的質(zhì)粒比乙醇沉淀更干凈，更適合克隆和轉(zhuǎn)化反應(yīng)。