基因合成FAQ

• 與傳統(tǒng)PCR克隆相比，基因合成有什么優(yōu)點(diǎn)？

  基因合成有如下優(yōu)點(diǎn)：

  • 密碼子優(yōu)化技術(shù)（中國專利號(hào)：ZL 201980050408.0）提高了蛋白的表達(dá)量及可溶性；
  • 成本效益低，通過普通PCR克隆方法構(gòu)建組織特異性cDNA文庫是費(fèi)時(shí)費(fèi)錢的；
  • 基因合成獲得的基因無突變、準(zhǔn)確，普通PCR產(chǎn)生非預(yù)期結(jié)果的可能性大，從而影響后續(xù)實(shí)驗(yàn)的進(jìn)行；
  • 不需要依賴模板以及酶切位點(diǎn)。
• 金斯瑞基因合成服務(wù)的優(yōu)勢(shì)有哪些？

  金斯瑞基因合成服務(wù)主要競(jìng)爭(zhēng)優(yōu)勢(shì)：

  • 先進(jìn)的基因合成平臺(tái)：可以合成任何基因，包括含重復(fù)序列（重復(fù)次數(shù)無限制）、高GC含量、發(fā)夾結(jié)構(gòu)、連續(xù)單一堿基重復(fù)等富含特殊結(jié)構(gòu)的復(fù)雜基因；
  • GenSmart密碼子優(yōu)化技術(shù)：提高了蛋白表達(dá)量及可溶性，促進(jìn)蛋白正確折疊；
  • CloneEZ“無縫”克隆技術(shù)：以克隆系統(tǒng)為基礎(chǔ)的新一代CloneEZ“無縫”克隆技術(shù)能夠在30分鐘內(nèi)精確有效地將基因克隆到任何載體；
  • 成本效益：為客戶提供具有競(jìng)爭(zhēng)力的價(jià)格，幫助客戶減少預(yù)算支出；
  • 客戶信息安全保證：金斯瑞基因合成周期短，特有的安全制度保證客戶的信息安全，公司嚴(yán)格按照與客戶簽定的基因合成服務(wù)協(xié)議和保密合同執(zhí)行服務(wù)；
  • 良好的客戶信任度：服務(wù)質(zhì)量可靠，提供DNA測(cè)序結(jié)果，準(zhǔn)確合成，序列準(zhǔn)確無誤。金斯瑞為客戶合成的許多基因，在其發(fā)表的高水平文章中得到引用。
• 金斯瑞能合成多長(zhǎng)的基因？

  沒有長(zhǎng)度限制，金斯瑞可為您合成長(zhǎng)達(dá)10kb及以上的基因序列。且金斯瑞已挑戰(zhàn)合成成功的基因有：長(zhǎng)達(dá)200kb的基因；>70%高GC含量或<30%低GC含量的基因；重復(fù)片段基因；強(qiáng)二聚體結(jié)構(gòu)的基因；含100多個(gè)連續(xù)腺嘌呤的基因 (aaaaaaa……)等幾千種復(fù)雜基因。

• 密碼子優(yōu)化有必要嗎？

  對(duì)于用于蛋白表達(dá)的基因來說，多數(shù)情況下是有必要的。如真核生物的基因需要在原核生物中表達(dá)。由于真核生物的密碼子偏好和原核生物有很大不同，對(duì)基因進(jìn)行密碼子優(yōu)化將顯著提高表達(dá)效率。

• 如需基因優(yōu)化，我需要提供哪些信息？

  若需基因優(yōu)化，我們需要您提供如下信息：a.被優(yōu)化的基因序列或者蛋白序列；b.優(yōu)化的宿主；c.基因兩端需添加的酶切位點(diǎn)或者基因內(nèi)部需去除的酶切位點(diǎn)；d.是否需要特定的終止密碼子；e.是否需添加Kozak序列，對(duì)于哺乳動(dòng)物系統(tǒng)我們一般建議您添加Kozak序列。

• 如想在兩種不同的宿主中表達(dá)目的蛋白，金斯瑞是否能夠在兩種宿主中進(jìn)行優(yōu)化？

  可以。我們的優(yōu)化工具可以幫助您同時(shí)針對(duì)兩個(gè)不同宿主物種進(jìn)行基因優(yōu)化。該工具可同時(shí)載入兩個(gè)宿主的密碼子偏向性和順勢(shì)作用元件等優(yōu)化參數(shù)，雙宿主優(yōu)化算法會(huì)搜尋兩個(gè)宿主表達(dá)的平衡點(diǎn)，以求在兩個(gè)宿主中都可以得到令人滿意的蛋白表達(dá)量。但是在兩個(gè)宿主物種的親緣關(guān)系比較遠(yuǎn)等情況下，雙宿主基因優(yōu)化則很有可能在兩個(gè)宿主中都得不到理想的優(yōu)化結(jié)果。如果您在您的雙宿主優(yōu)化結(jié)果中發(fā)現(xiàn)了CAI小于0.80，大量順勢(shì)作用元件沒有被過濾掉，或其他可能影響基因表達(dá)的現(xiàn)象，我們推薦您針對(duì)兩個(gè)宿主分別使用我們的單一宿主優(yōu)化方法。

• 在大腸桿菌表達(dá)系統(tǒng)中，哪種終止密碼子具有偏好性？在哺乳動(dòng)物系統(tǒng)中呢？

  在大腸桿菌中，TAG很少用；經(jīng)常使用的是TAA；TGA也可以。在哺乳動(dòng)物中，TGA的使用頻率高于TAA和TAG。相對(duì)于哺乳動(dòng)物和大腸桿菌之間的不同，密碼子使用表在哺乳動(dòng)物不同有機(jī)體間的區(qū)別不是很大。

• pUC57-simple和pUC57這兩載體有什么區(qū)別？在什么情況下，金斯瑞建議使用pUC57-simple載體？

  a.pUC57-simple載體在pUC57載體基礎(chǔ)上去除了MCS區(qū)，僅保留了NdeI和EcoRV兩個(gè)常用酶切位點(diǎn)；b.金斯瑞免費(fèi)提供pUC57標(biāo)準(zhǔn)載體。通常來說，合成的基因?qū)⒈豢寺∵M(jìn)標(biāo)準(zhǔn)載體的Sma I或EcoR V位點(diǎn)。如果客戶要求避免一些載體上常用的酶切位點(diǎn)以方便后續(xù)的亞克隆需求，我們建議客戶使用pUC57-simple載體。

• 金斯瑞可以將合成的基因克隆到我指定的載體嗎？

  可以。如果您需要將合成的基因克隆到您指定的載體上，需要您提供載體相關(guān)信息并寄送相應(yīng)質(zhì)粒載體。

• 基因合成服務(wù)提供的數(shù)據(jù)報(bào)告包含哪些文件，每個(gè)文件需要使用什么軟件打開？

  您所收到的基因合成服務(wù)數(shù)據(jù)報(bào)告是RAR格式的壓縮文件，可以使用Winrar（4.0以上版本）打開，數(shù)據(jù)報(bào)告共含有4 類文件，分別為：

  • Seq格式文件——根據(jù)您提供訂單序列生成的目標(biāo)序列文件，可以使用DNASTAR 軟件打開；
  • abi或ab1格式文件——測(cè)序彩圖，可以使用Chromas 軟件打開；
  • SQD格式文件——將目標(biāo)序列（Seq）和測(cè)序結(jié)果（abi或ab1）對(duì)比得到的Alignment文件，該文件可以使用DNASTAR 打開；
  • PDF 格式文件——此類文件一般有2個(gè)，1個(gè)是質(zhì)粒圖譜，1個(gè)是QC文件。
• 如何使用金斯瑞基因合成交付的質(zhì)粒、甘油和穿刺菌？

  質(zhì)粒使用方法：

  • 所提供的質(zhì)粒進(jìn)行了真空冷凍干燥，干燥后的質(zhì)粒呈薄膜狀或粉末狀附在離心管底部，使用前請(qǐng)先離心再小心開啟，以免丟失；
  • 標(biāo)簽上已注明質(zhì)粒抽提的方式和質(zhì)粒的量，對(duì)于正常訂單，通常使用質(zhì)粒小抽方法進(jìn)行抽提，通過紫外分光光度計(jì)在260nm波長(zhǎng)下進(jìn)行定量。所供質(zhì)粒保證OD260/OD280在1.80～2.0之間，滿足一般的分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)要求，如PCR 擴(kuò)增、酶切、轉(zhuǎn)化和測(cè)序等；
  • 提供4μg凍干質(zhì)粒DNA（低拷貝1μg凍干質(zhì)粒DNA），建議用40μL滅菌后的雙蒸水或10mM pH8.0 的TE緩沖液來溶解，溶解后的質(zhì)粒濃度為100ng/μL。您也可以根據(jù)實(shí)驗(yàn)需要來溶解質(zhì)粒；
  • 溶解后的質(zhì)粒請(qǐng)于-20℃保存，并請(qǐng)避免反復(fù)凍融。

  甘油菌/穿刺菌使用方法：

  • 甘油菌可在-80℃長(zhǎng)期保存；穿刺菌請(qǐng)?jiān)?℃保存，保存周期為兩周左右；
  • 甘油菌/穿刺菌使用，建議在使用前進(jìn)行復(fù)蘇處理，可以先用接種針挑取穿刺菌絲或蘸取甘油菌，在帶有對(duì)應(yīng)抗性的平板上劃線，也可以用甘油菌直接涂布復(fù)蘇，第二天再挑取生長(zhǎng)正常的菌落接菌擴(kuò)大培養(yǎng)，可以提高搖菌的效率和成功率。一般不建議使用穿刺菌或者甘油菌直接大批量接種培養(yǎng)。

  其他注意要點(diǎn)：穿刺菌和甘油菌開蓋后極易污染，使用過程請(qǐng)注意無菌操作，避免交叉污染；其次是保存條件和搖菌條件；質(zhì)粒和甘油菌盡量不要反復(fù)凍融。

• 密碼子優(yōu)化過的基因，金斯瑞是否還提供蛋白表達(dá)服務(wù)？

  金斯瑞同時(shí)可為合成的基因提供蛋白表達(dá)及純化服務(wù)。金斯瑞提供四大蛋白表達(dá)系統(tǒng)：原核蛋白表達(dá)系統(tǒng)、酵母蛋白表達(dá)系統(tǒng)、桿狀病毒-昆蟲細(xì)胞蛋白表達(dá)系統(tǒng)及哺乳動(dòng)物細(xì)胞蛋白表達(dá)系統(tǒng)。