隨著各項(xiàng)基礎(chǔ)技術(shù)的日益革新，針對(duì)蛋白質(zhì)方面的研究也日趨增多。蛋白質(zhì)的各項(xiàng)分析成為研究者的必需工作。目前蛋白質(zhì)分析相關(guān)的軟件層出不窮，算法各不相同，精確度也是參差不齊。

蛋白質(zhì)的分析一般包括分子量、等電點(diǎn)、氨基酸組成、跨膜域、信號(hào)肽、疏水性和結(jié)構(gòu)功能域等方面。接下來，將從這幾個(gè)方面給小伙伴們介紹一些常用的蛋白質(zhì)分析軟件。

一、 分子量和等電點(diǎn)

蛋白的分子量和等電點(diǎn)分析既可以通過本地軟件（例如DNAMAN，BioEdit等），也可以通過在線工具來實(shí)現(xiàn)。這邊給大家介紹常用的在線工具ExPASy的ProtParam tool（https://web.expasy.org/protparam/ ）。

ProtParam這個(gè)工具可以計(jì)算分子量、理論等電點(diǎn)、氨基酸的組成、消光系數(shù)、原子組成、估計(jì)半衰期、穩(wěn)定指數(shù)等等。需要注意的是，如果序列有修飾過的氨基酸殘基，則不計(jì)算在內(nèi)。

二、 信號(hào)肽

信號(hào)肽一般由有20-40個(gè)氨基酸組成，并且具有一些特點(diǎn)：N端有1-3正電荷氨基酸；中間是一段中性按就算組成的疏水區(qū)；而C端則有一個(gè)信號(hào)肽酶識(shí)別的位點(diǎn)。常用的在線軟件有SignalP（http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/）。

SignalP預(yù)測(cè)氨基酸序列中是否存在信號(hào)肽剪切位點(diǎn)，并標(biāo)記出來（如上圖中1-20就是信號(hào)肽）。原核生物和真核生物都可以進(jìn)行預(yù)測(cè)，預(yù)測(cè)的是分泌型信號(hào)肽。

三、 跨膜域

含有跨膜域的蛋白質(zhì)可能是定位于膜的蛋白或者離子通道蛋白，也可能是作為膜受體而起作用。常用的在線軟件是TMHMM（http://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM/）。

TMHMM會(huì)將測(cè)到跨膜區(qū)以紅色標(biāo)出，并且預(yù)測(cè)出具體的位置，比如上圖出現(xiàn)的跨膜區(qū)就是

四、 疏水性

ExPASy的ProtScale工具（https://web.expasy.org/protscale/ ）可以預(yù)測(cè)給定氨基酸序列的疏水性，可以允許用戶計(jì)算蛋白質(zhì)的50余種不同屬性，并為每一種氨基酸輸出相應(yīng)的分值。當(dāng)然疏水性也可以通過本地軟件（例如DNAMAN，BioEdit等）進(jìn)行分析，只是基于算法的不同，可能會(huì)有微小的差別。

除了基于一級(jí)結(jié)構(gòu)的理化性質(zhì)分析以外，蛋白質(zhì)的三維結(jié)構(gòu)也是經(jīng)常需要做的分析，更多蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)中常用的軟件，敬請(qǐng)期待下篇報(bào)道！