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為CRISPR敲入實驗設計HDR敲入模板和sgRNA序列

設計軟件操作指南視頻

請輸入19-20nt guide RNA序列(不含PAM),您可以輸入guide RNA的序列或靶序列的DNA序列。
請輸入19-20nt guide RNA序列(不含PAM),您可以輸入guide RNA的序列或靶序列的DNA序列。
外顯子(-) 外顯子(+) 刪除片段 插入片段 guide RNA 翻譯蛋白序列(插入后) 翻譯蛋白序列(插入前)
序列翻轉在線工具

請注意eGFP序列中并未包含終止密碼子,如有需要,請自行添加。

設計結果 - Gene Symbol (Gene ID )

對于超過20kb的HDR模板,請聯系我們獲取技術支持 ([email protected])

輸入序列


輸出序列

Please enter 17-23nt guide RNA sequence.

GenCRISPR HDR敲入模板設計工具使用指南

簡單4步,快速獲得精準的HDR敲入模板和sgRNA序列!支持150nt – 20kb的基因敲入模板設計,提供ssDNA、dsDNA、GenCircle dsDNA(環狀模板)選項!


  1. 輸入頁面: 提供目標物種、目標基因信息,可選擇特定編輯位點或根據特定guide RNA設計敲入模板
  2. 設計頁面: 通過鼠標移動編輯位點,輸入敲入序列,選擇蛋白標簽、同源臂長度、設計結果數量等
  3. 結果頁面: 查看設計的HDR模板和sgRNA序列、On Target score、Off Target score等參數,選擇合適的設計,可添加CTS序列提升敲入效率
  4. 下單頁面: 選擇您需要的規格,加購物車并成功提交詢單即可

任何問題,歡迎聯系金斯瑞專業的技術支持,郵箱:[email protected],電話:400-025-8686分機5812或5815。

選擇編輯位置:

  • 綠色豎線標簽表示編輯位點。
  • 當鼠標放置在綠色標簽或其兩端,并變為十字形狀時,按住鼠標左鍵可調整綠色標簽左右兩端的位置,選擇合適的編輯位置。

瀏覽序列譜圖:

  • 將鼠標放在序列圖上,點擊并滾動鼠標滾輪,可以放大序列譜圖,顯示每個堿基和氨基酸。
  • 按住鼠標左鍵可將序列譜圖自由向左或向右移動。

默認同源臂長度信息

當刪除序列的長度≤70bp

  • 針對≤100bp的敲入序列,同源臂長度默認為70nt
  • 針對>100bp的敲入序列,同源臂長度默認為300nt
  • 金斯瑞建議如果敲入序列長度≤2kb,選擇ssDNA,推薦同源臂長度設置為250nt;選擇dsDNA,推薦同源臂長度設置為150-200bp。如果敲入序列長度>2kb,同源臂長度推薦設置為300-500bp

當刪除序列的長度>70bp

  • 當刪除序列的長度為70-299nt,同源臂長度默認為300nt
  • 當刪除序列的長度為300-499nt,同源臂長度默認為500nt
  • 當刪除序列的長度為500-1500nt,同源臂長度默認為700nt
排名是根據不同sgRNA的“與敲入位點的距離”,這個參數越小,排名越高。 如果“與敲入位點的距離”相同,sgRNA的“目標得分”越高,排名越高。 請根據您最重要的參數選擇設計。

更高的on target評分代表著更高的編輯效率,參考文獻 Doench-score
設計結果排名順序根據on/off target評分等綜合評估排序。

更高的off target評分代表著更高的脫靶效應,參考文獻 Doench-score
設計結果排名順序根據on/off target評分等綜合評估排序。

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