引物合成常見問題

• 引物的設計和修飾

  1. 引物設計的基本原則是什么？

  2. 常用引物設計軟件有哪些？

  3. 文獻上找到的引物和探針序列能否直接使用？

  4. 如何計算引物的Tm值？

  5. 常見的引物修飾的有哪些？

  6. 為什么修飾引物的產量要比一般引物低，價格要高？

  7. 合成的熒光標記探針應如何保存？

  8. 常見的熒光染料有哪些？

  9. 5-FAM、6-FAM、FITC標記之間有何區別？

  10. 淬滅基團為TAMRA、Eclipse或BHQ系列染料的雙標記熒光探針在使用上有什么不同？

  11. TaqMan探針設計的基本原則是什么？

  12. 修飾標記對OD值的測量有影響嗎?

  13. 磷酸化是怎么回事？

  14. Phospothioate（S-oligos）硫代引物和普通的引物有什么區別？

  15. 氨基修飾的原理是什么？注意事項是什么？

  16. HEX，TET or 6-FAM幾種的區別是什么樣的？

• 引物的合成和純化

  1. 引物是如何合成的？

  2. DNA合成粗產物中含有什么雜質？

  3. 引物純化方式有哪些？

  4. 引物純化方式如何選擇？

  5. 合成的引物5’端是否有磷酸化？

  6. 最長可以合成多長的引物？

  7. 為何長鏈引物的收費要比短鏈引物要高？

  8. 交付引物質量好壞的判斷標準是什么？

  9. PCR產物經過克隆以后測序發現引物區與合成序列不相符合，怎么辦？

  10. 測序發現引物有突變是怎么回事？

• 引物的使用和保存

  1. 如何確定需要合成多少OD值的引物？

  2. 如何測定引物的OD值？

  3. 如何通過OD值計算引物的濃度？

  4. 引物（含修飾）的分子量是如何確定的？

  5. 如何保存引物？

  6. 引物在常溫下運輸，會降解嗎？

  7. 如何溶解引物？

  8. 已經溶解的引物，為什么原先使用正常，而過一段時間再使用就不好了？

  9. 如何檢測引物的純度？

  10. 當引物的OD260/OD280小于1.8時，引物的純度合格嗎？

  11. 同樣的OD用PAGE檢測，EB染色為什么深淺不一？

  12. 進行PAGE電泳時，長度完全一樣的Oligo DNA為什么泳帶不在同一位置？

  13. 能否使用Agarose凝膠電泳分析合成的引物？

  14. 有時候干燥后的引物呈黃褐色，這是DNA的本身顏色嗎？

  15. PCR擴增不出來，跟引物有關嗎？

  16. 合成的引物進行PCR反應時無目的帶，怎么辦?

  17. PCR擴增有很強的非特異條帶，說明引物有污染嗎？

  18. 如何將兩條互補的單鏈退火形成雙鏈？

  19. 引物片段退火后不能連接到載體上是什么問題？